|
|
Postupy seřízení diagnostického přístroje Array Reader C-series
Čičatka, Michal ; Hesko, Branislav (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Práce se věnuje aktualizaci aplikace pro seřízení biochemického microarray analyzátoru Array Reader C-series společnosti BioVendor. Nejprve obecně definuje a rozdělí chemické analyzátory; následně popíše jejich fyzikální principy. Další kapitoly shrnují poznatky o microarray testech, které jsou využívány právě analyzátory microarray a jsou popsány jejich chemické a fyzikální principy. Dále se práce zabývá jakostí a její kontrolou a seřízením přístrojů. Krátce se práce věnuje také .NET Frameworku, softwarové platformě, pomocí niž je implementována praktická část práce. V závěru teoretické části je následně popsán samotný Array Reader C-series. Praktická část dokumentuje stávající aplikaci pro seřízení. Na základě osobních zkušeností se stávající aplikací je vytvořen a podrobně popsán návrh nové aplikace. Hlavní úlohou nové aplikace by mělo být zpřehlednění, zjednodušení a automatizace seřizovacího procesu. Dále práce popisuje implementaci návrhu aplikace včetně všech automatizačních procesů. Závěr práce srovnává původní verzi a novou verzi aplikace z hlediska časové náročnosti a uživatelského komfortu. Aplikace byla vyhodnocena jako lepší z hlediska časové náročnosti i uživatelského komfortu oproti své původní verzi. Aplikace byla dále rozšířena pro fluorescenční analyzátor a pro oba přístroje byla vytvořena i odvozená aplikace pro servisní seřízení. Všechny čtyři aplikace jsou již implementované do softwaru společnosti BioVendor a užívají se při běžném provozu.
|
|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Klasifikační metody pro data z mikročipů
Hudec, Vladimír ; Bartík, Vladimír (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o datech získaných z genetických čipů a metodách jejich analýzy. Rozebírá některé metody pro analýzu těchto dat a detailněji se zaměřuje na metodu "Random Forests". Obeznamuje s datasetem který je použit pro experimenty. Metody jsou realizovány v prostředí jazyka R. Jednotlivé výsledky jsou zhodnoceny a porovnány. Výsledky dosažené s metodou "Random Forests" jsou porovnány s jinými experimenty nad stejným datasetem.
|
|
|
Multidimensional statistics and applications to study genes
Bubelíny, Peter ; Klebanov, Lev (vedoucí práce) ; Jurečková, Jana (oponent) ; Kalina, Jan (oponent)
Název práce: Mnohorozměrná statistika a aplikace na studium genů Autor: Mgr. Peter Bubelíny Katedra: Katedra pravděpodobnosti a matematické statistiky Vedoucí disertační práce: prof. Lev Klebanov, DrSc., KPMS MFF UK Abstrakt: Microarrayová data genových expresí se skládají z několika tisíců genů a pouze několika desítek pozorování. Navíc, geny jsou mezi sebou silně závislé a data obsahují systematické chyby. Proto nám rozsah těchto dat nedovoluje rozumně odhadnout jejich korelační strukturu. U mnoha stati- stických problémů s mircoarrayovými daty musíme současně testovat tisíce hypotéz. Vzhledem k závislosti mezi geny, p-hodnoty těchto hypotéz jsou taky závislé. V této práci porovnáme běžné procedury mnohonásobného testování, které jsou vhodné pro závislé hypotézy. Běžný způsob, jak udělat microarrayová data méně závislá a částečně odstanit systematické chyby, je normalizovat je. Proto bylo navrhnuto několik nových normalizací a studovali jsme, jak různé normalizace ovlivňují testování hypotéz. Navíc jsme porov- nali testy pro nalezení odlišně expresovaných genů nebo genových množin a nalezli několik zajímavých vlastností testů jako například strannost dvoj- výběrového Kolmogorov-Smirnovova testu a...
|
|
|
Genetické a proteomické analýzy vybraných poruch kardiovaskulárního systému
Boháčová, Jana
Práce se zabývá genetickými a proteomickými aspekty, které mohou hrát roli v rozvoji vybraných kardiovaskulárních onemocnění. Jednou ze skupin enzymů, která se podílí na destrukčních mechanizmech u kardiovaskulárního postižení, jsou matrix metaloproteinázy. V této práci byly imunometricky měřeny a hodnoceny serologické hladiny MMP-2 a MMP-9 u pacientů s vadou aortální chlopně a u pacientů s infarktem myokardu. U obou výše zmíněných diagnóz byly zaznamenány signifikantně zvýšené hladiny těchto enzymů. Provedené analýzy neprokázaly souvislost koncentrací MMP-2 a MMP-9 v séru s rozvojem dilatace ascendentní aorty u pacientů s vadou aortální chlopně. Naměřené hodnoty metaloproteináz u souboru pacientů s infarktem myokardu umožnily charakterizovat koncentrace v séru v průběhu prvních 24 hodin a po 6 měsících od ataky. U 10 % pacientů operovaných pro vadu aortální chlopně docházelo k rozvoji dilatace ascendentní aorty. Genetické analýzy u těchto pacientů neprokázaly jasnou souvislost patologie ascendentní aorty s genem TGFBR2 a s vybranými úseky FBN1 genu. Další genetické analýzy by mohly odhalit zatím blíže nespecifikovanou poruchu aortální stěny vedoucí k její dilataci. U souboru pacientů s infarktem myokardu byla dále sledována exprese genů, ze kterých jsou syntetizovány vybrané metaloproteinázy nebo...
|
|
|
DNA markery pro diagnostiku bakteriálních infekcí
Vilímová, Veronika
Diplomová práce DNA markery pro diagnostiku bakteriálních infekcí se zabývá problematikou patogenních bakterií urogenitálního traktu způsobujících záněty močových cest a problematikou metod diagnostiky těchto bakterií, se zaměřením na použití DNA sond. Cílem práce bylo nalezení, navržení a testování vhodných DNA sond pro diagnostiku vybraných bakteriálních patogenů za použití metod kvantitativní real-time PCR. Byly navrženy sondy pro real-time PCR na základě specifických bakteriálních sekvencí v části genu 16S rRNA. Dále proběhlo testování a optimalizace real-time PCR s navrženými sondami. Povedlo se optimalizovat reakčíní podmínky pro dvě sondy z dvanácti, jednu pro S. aureus a druhou pro P. aeruginosa. Dosažené výsledky jsou základem pro pokračování experimentální práce a pro zdokonalení a zajištění opakovatelnosti experimentů bude třeba dále pokračovat v optimalizaci reakčních podmínek.
|
|
|
Postupy seřízení diagnostického přístroje Array Reader C-series
Čičatka, Michal ; Hesko, Branislav (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Práce se věnuje aktualizaci aplikace pro seřízení biochemického microarray analyzátoru Array Reader C-series společnosti BioVendor. Nejprve obecně definuje a rozdělí chemické analyzátory; následně popíše jejich fyzikální principy. Další kapitoly shrnují poznatky o microarray testech, které jsou využívány právě analyzátory microarray a jsou popsány jejich chemické a fyzikální principy. Dále se práce zabývá jakostí a její kontrolou a seřízením přístrojů. Krátce se práce věnuje také .NET Frameworku, softwarové platformě, pomocí niž je implementována praktická část práce. V závěru teoretické části je následně popsán samotný Array Reader C-series. Praktická část dokumentuje stávající aplikaci pro seřízení. Na základě osobních zkušeností se stávající aplikací je vytvořen a podrobně popsán návrh nové aplikace. Hlavní úlohou nové aplikace by mělo být zpřehlednění, zjednodušení a automatizace seřizovacího procesu. Dále práce popisuje implementaci návrhu aplikace včetně všech automatizačních procesů. Závěr práce srovnává původní verzi a novou verzi aplikace z hlediska časové náročnosti a uživatelského komfortu. Aplikace byla vyhodnocena jako lepší z hlediska časové náročnosti i uživatelského komfortu oproti své původní verzi. Aplikace byla dále rozšířena pro fluorescenční analyzátor a pro oba přístroje byla vytvořena i odvozená aplikace pro servisní seřízení. Všechny čtyři aplikace jsou již implementované do softwaru společnosti BioVendor a užívají se při běžném provozu.
|
|
|
Genetické a proteomické analýzy vybraných poruch kardiovaskulárního systému
Boháčová, Jana
Práce se zabývá genetickými a proteomickými aspekty, které mohou hrát roli v rozvoji vybraných kardiovaskulárních onemocnění. Jednou ze skupin enzymů, která se podílí na destrukčních mechanizmech u kardiovaskulárního postižení, jsou matrix metaloproteinázy. V této práci byly imunometricky měřeny a hodnoceny serologické hladiny MMP-2 a MMP-9 u pacientů s vadou aortální chlopně a u pacientů s infarktem myokardu. U obou výše zmíněných diagnóz byly zaznamenány signifikantně zvýšené hladiny těchto enzymů. Provedené analýzy neprokázaly souvislost koncentrací MMP-2 a MMP-9 v séru s rozvojem dilatace ascendentní aorty u pacientů s vadou aortální chlopně. Naměřené hodnoty metaloproteináz u souboru pacientů s infarktem myokardu umožnily charakterizovat koncentrace v séru v průběhu prvních 24 hodin a po 6 měsících od ataky. U 10 % pacientů operovaných pro vadu aortální chlopně docházelo k rozvoji dilatace ascendentní aorty. Genetické analýzy u těchto pacientů neprokázaly jasnou souvislost patologie ascendentní aorty s genem TGFBR2 a s vybranými úseky FBN1 genu. Další genetické analýzy by mohly odhalit zatím blíže nespecifikovanou poruchu aortální stěny vedoucí k její dilataci. U souboru pacientů s infarktem myokardu byla dále sledována exprese genů, ze kterých jsou syntetizovány vybrané metaloproteinázy nebo...
|
|
|
Multidimensional statistics and applications to study genes
Bubelíny, Peter ; Klebanov, Lev (vedoucí práce) ; Jurečková, Jana (oponent) ; Kalina, Jan (oponent)
Název práce: Mnohorozměrná statistika a aplikace na studium genů Autor: Mgr. Peter Bubelíny Katedra: Katedra pravděpodobnosti a matematické statistiky Vedoucí disertační práce: prof. Lev Klebanov, DrSc., KPMS MFF UK Abstrakt: Microarrayová data genových expresí se skládají z několika tisíců genů a pouze několika desítek pozorování. Navíc, geny jsou mezi sebou silně závislé a data obsahují systematické chyby. Proto nám rozsah těchto dat nedovoluje rozumně odhadnout jejich korelační strukturu. U mnoha stati- stických problémů s mircoarrayovými daty musíme současně testovat tisíce hypotéz. Vzhledem k závislosti mezi geny, p-hodnoty těchto hypotéz jsou taky závislé. V této práci porovnáme běžné procedury mnohonásobného testování, které jsou vhodné pro závislé hypotézy. Běžný způsob, jak udělat microarrayová data méně závislá a částečně odstanit systematické chyby, je normalizovat je. Proto bylo navrhnuto několik nových normalizací a studovali jsme, jak různé normalizace ovlivňují testování hypotéz. Navíc jsme porov- nali testy pro nalezení odlišně expresovaných genů nebo genových množin a nalezli několik zajímavých vlastností testů jako například strannost dvoj- výběrového Kolmogorov-Smirnovova testu a...
|
host ::
RSS.